La Commissione Europea rappresenta l'interesse generale dell'Unione. Pur essendo composta da un membro per Stato, è infatti politicamente indipendente e rimane in carica per cinque anni.

Il presidente della Commissione viene nominato dal Consiglio dell'Unione Europea riunito nella formazione di Capi di Stato e di Governo, e tale nomina è poi sottoposta all'approvazione del Parlamento Europeo. Il Presidente della Commissione, sulla base delle nomine proposte dagli Stati membri, procede dunque alla scelta dei Commissari. L'intera Commissione deve poi essere approvata in blocco dal Parlamento, che dunque detiene una importante funzione di controllo sulla composizione della Commissione.

Le funzioni principali della Commissione sono di ordine legislativo, esecutivo e di controllo dell' applicazione del diritto comunitario.

La Commissione detiene il quasi monopolio dell'iniziativa legislativa. Pur agendo spesso sotto impulso del Parlamento o del Consiglio, la Commissione ha comunque la facoltà di scegliere il momento in cui avanzare la proposta, nonché la base giuridica di quest'ultima.

La Commissione si occupa dell'attuazione pratica delle politiche comuni, della gestione del budget comunitario e dei programmi dell'Unione. Alla Commissione, inoltre, é delegato il potere di esecuzione degli atti normativi del Parlamento e del Consiglio.

Nell'ambito delle sue competenze di applicazione del diritto comunitario, la Commissione può comminare delle sanzioni agli Stati membri che non adempiono agli obblighi previsti dai Trattati o dalle norme derivate (per esempio, mancata trasposizione di una direttiva) e può adire la Corte di Giustizia al fine di far rispettare il diritto comunitario.

Infine, previo mandato del Consiglio, la Commissione può negoziare accordi internazionali che concernono le materie di competenza comunitaria (ad esempio, gli accordi di cooperazione e di associazione con i Paesi terzi o gli accordi commerciali internazionali).